Ошибка 404 возникает часто
И это могут быть разные случаи.
1 . Страницы когда то существовавшие и были удалены вами же (например страницы демо-товаров поставляемых в комплекте с CMS) но они успели попасть в базы поисковых роботов (они же и стучатся ), если так то скоро отстанут.
2 . Банально исправленные URLы товаров/категорий и прочего
3 . Масса обезличенных ботов (которые кстати зачастую маскируются под живых людей), они ищут всякого рода уязвимости и стучатся как правило в скрипты .js и в урлы /admin, /administrator, /wp-admin и прочие, естественно сервет отдает 404.
4 . Сервисы проверки сайтов
5 . И иногда наследственное =) Когда домен раньше принадлежал другому человеку и там был другой сайт со своими URLами, на которые в интернете остались ссылки на внутренние страницы и до сих пор они работают (Историю домена можно просмотреть на классном сервисе машина времени от WebArchive можно проверить что творилось с доменом тыц )
ну и это еще не все в общем
вот если увидеть ссылки на ваши 404 ошибки то можно было бы сказать с 99% точностью.