Доска почета

По своему желанию выберите какой поисковик вам важней и тот установите по-умолчанию.

Где-то есть обработчик содержимого ячейки, который использует функцию nl2br или str_replace("\n", "<br>", $cell_html) и это, в принципе, правильно, но для чистого текста. Вы же в notepad++ пишете <tr> на новой строке, которая при импорте превращается в <br><tr>, но т.к. это не валидно, то все <br> идут до таблицы. Самый простой способ избавиться от этого - перевести разметку таблицы (и других конструкций типа ul и т.д.) в одну строку и залить это в ячейку. Объединить строки в одну можно поиском с заменой выделенного текста по регулярке. Например, ищем "\R" и заменяем на "ничего" (пустое поле).