1. Это невозможно и вы сами ответили почему это не было предусмотрено: но желательно не трогать ядро для совместимости с модулями и шаблонами.
В сборке внесены только самые необходимые изменения.
Стили css- это не ядро, там можно делать все что угодно (в разумных пределах).
2. Дополнительные меню можете создавать сколько угодно, но не в Админке. Или дополнительный модуль. Или именно как вы сами сказали.
Создайте Модуль HTML Дополнительное меню и можете выводить все, что вам понадобится, в том числе и ссылки на статьи.
Но разместить его стандартно можно только в стандартных Схемах ( левая колонка, правая колонка, контент)
Если очень сильно захотеть, то с помощью скрипта можно будет перекинуть этот блок в другое место (appendTo)
3. Слабо себе представляю вашу задумку: Будет ли хорошо смотреться несколько дополнительных пунктов в блоке #top-links, особенно на экранах менее 1200 пикселей?
P.S.
В опенкарте есть такое: Статьи. Ссылки на них выводятся в футере.