по идее, всё норм значит
смотря что ищете, если микроразметку, например товаров, то в .../catalog/view/theme/your_theme/template/product/product.tpl
сравниваете файл из хранилища модификаций с тем же файлом в оригинале (тот же адрес, только без system/storage...)
если есть отличия - это и есть примененные модификации
вам нужно больше почитать про модификаторы в опенкарте, вы не понимаете как это работает.
отвечая на вопрос - нет, модификаторы (ocmod) и модули (extensions) не зависят друг от друга. в модулях появится только те, что имеют свои собственные контроллеры. но часто бывает так, что файл модификатора и есть весь модуль
эх, сколько вам еще предстоит узнать, чтобы хотя бы минимально рулить своим магазином...
в роботсе сборки всё отлично, и то что там запрещено - это и есть тот шлак, который поисковые роботы видеть не должны.
опять же... в микроразметке вы тоже сильно плаваете, раз подозреваете связь между ней и роботсом.
микроразметка располагается в html-коде страницы, ее видно даже есть роботсом закрыть весь сайт
Резюме: учиться никогда не поздно и не стыдно, но, объективно, вы сейчас в самом начале пути и не сможете самостоятельно обслуживать и развивать ваш магазин. буквально со всех сторон недостаток базовых знаний, из-за этого сложно решать даже самые простые задачи. мне это напоминает мои потуги администрирования на линуксе, скажу сразу, что толку от моих стараний 0,1%, а времени улетает масса. вроде бы и приятно самому разобраться с очередной <censored>, но как подумаю сколько я мог заработать за это время занимаясь своим делом - то аж хочется себя <censored>