Нет, не будет. Но если в catalog/model/totalpayment_costs.php добавить "<", то будет
И, кмк, стоит округлять значение скидки, если нет желания копаться в богомерзких копейках в тотале.
Ну и имеет, наверное, смысл выводить точную величину скидки, если делать округление значения скидки. А то покупатели говнится начнут, что, дескать, "обман!, скидка меньше(больше) заявленной!"
Я бы так сделал:
Надеюсь, автора не покоробит мое сиволапое копание в его коде
Модуль классный, всем хотеть!