Опишу последовательность ручного заталкивания страниц в индекс Яндекса, потому как только после этого стало заметно движение в нужном направлении.
Делалось всё через Вебмастер Яндекса.
1. Общая информация о сайте (рис.1), видим исключенные страницы.
2. Жмём на линк и попадаем в раздел, где видно, сколько и по какой причине исключены (рис.2)
3. Нас будут интересовать страницы, содержавшие мета-тег noindex, жмём.
4. Попадаем на страницу со списком исключенных страниц (под графиком).
5. Дальше работаем ручками:) Открываем новую вкладку или окно браузера и идём сюда https://webmaster.yandex.ru/site/check_url.xml и выбираем нужный сайт. Далее копируем по одному адреса исключенных страниц (п-кт 4), вставляем в поле для проверки и жмём Проверить URL.
6. Справа от каждой ссылки будет результат проверки - Готово, жмём чтобы посмотреть информацию.
7. Попадаем на страницу информации о странице сайта и результате проверки (рис.3) - "Страница исключена роботом. Причина: Документ содержит мета-тег noindex" или "В данный момент адрес страницы неизвестен роботу". Ниже написано что нужно сделать, среди прочего ссылка "Сообщить о новом сайте", жмём туда.
8. Попадаем на страницу "Сообщить о новом сайте" с заполненным полем для ссылки (рис.4). "Вводим капчу, жмем Добавить, и получаем сообщение - <адрес страницы> успешно добавлен. По мере обхода робота он будет проиндексирован и станет доступным для поиска."
9. Повторяем пункты 5 - 8 для всех страниц:)
P.S. Во время набора капчи я понял, мой мозг никогда не будет прежним (это что-то очень сильно напоминает либо норвежский язык, либо каталог магазина Ikea)
P.P.S. Возможно этот процесс поддаётся автоматизации, передо мной такой задачи не стояло по причине малого количества страниц на сайте.