У меня также сначала не удалялся товар с корзины. Проблема была в том, что запрос на удаления товар с корзины через стандартный модуль опенкарта удаляется запросом -
GET http://mysite.ua/index.php?route=module/cart&remove=43::
с двоеточием после id товара (это походу в более новой версии опенкарта 1.5) и соответсвенно в файле сесии данные были с двоеточием, а в модуле CartPopup передавался id без двоеточия в конце
Решил проблему банальным добавлением двоеточия в файле catalog/view/javascript/cartpopup.js
Заменить
$('#cart').load('index.php?route=module/cart&remove=' + product_id + ' #cart > *', function(){$('.cart-total').text($('#cart-total').text());});
на
$('#cart').load('index.php?route=module/cart&remove=' + product_id + '::' + ' #cart > *', function(){$('.cart-total').text($('#cart-total').text());});