Аналогичная проблема.
Создал мультимагазин (на хостинге настроил алиасы, в настройках опенкарта установил соответствующие пути и адреса дочерних магазинов), без https все работает. Стоит включить SSL, становится невозможным переключиться с главного на другой магазин, т.к. всегда отображается главный. Нашел информацию, что виноват ЧПУ, но при отключении ЧПУ почти та же проблема - теперь адрес меняется на субдомен.сайт.ru, но контент фактически тот же - с главного магазина.
Установлена система OPENCART.CMS 2.3.0.2.5
Кто-нибудь решал подобную проблему?