Разобрался Оказывается все было просто. Категории импортировал, в настройки категорий даже не заходил. Сейчас зашел, увидел пункт - "Главное меню". После установки галочки у категории - появляется стандартное меню с этой категорией, если отключено настраиваемое. С ошибками шаблона "Undefined variable: child" тоже разобрался. При автоматической установки модификатора - оно не туда вставляет свой код. В файле код по которому оно ищет (<![CDATA[ $children_data[] = array( ]]>) дублируется в настраиваемом меню, оно туда свой код пихало. Вручную перенес код в другое место - пропали ошибки, все работает.